El prólogo de la película reconoce los eventos de Godzilla (película de 1954) (utilizando al monstruo Godzilla de 1954 en lugar de un sucesor de Godzilla), al mismo tiempo que inventa su propia línea de tiempo. Explica que el Destructor de Oxígeno nunca fue utilizado aquí y que la capital de Japón se trasladó de Tokio a Osaka. La película tiene lugar en un universo alternativo con tecnología avanzada, explicando que en 1966, Godzilla ataca la primera planta nuclear japonesa en Tokai, Ibaraki, prefectura de Ibaraki. Después de esto, los G-Graspers, una sección de las Fuerzas de Autodefensa Japonesas, se dedicaron a luchar contra Godzilla. En 1996, la energía de plasma limpia reemplazó a la energía nuclear, pero esto no impidió que Godzilla atacara. La energía de plasma también está prohibida, debido a que Godzilla atacó la energía de fusión de plasma original.

Nos encontramos en el siglo XVII, en el Japón feudal. Kai es un paria que se une al líder de los 47 Ronin, 47 guerreros sin amo que tuvieron que convertirse en outsiders después de que su señor fuera obligado a cometer sepukku (suicidio al estilo samurái), Oishi. Juntos lucharán por vengarse del traidor que mató a su señor y les condenó al destierro. Para restablecer el honor a su tierra natal, los guerreros se lanzan a una búsqueda plagada de duras pruebas capaces de destruir a cualquiera.

Años después de un ataque inicial a Tokio en 1954, Godzilla queda atrapado bajo el hielo en la Antártida después de una batalla con el Atragon original. En años posteriores, desastres ambientales causan la aparición de monstruos gigantes y superhumanos, llamados "mutantes", que luego son reclutados en la Fuerza de Defensa de la Tierra (EDF) para luchar contra los monstruos. Un Gotengo mejorado, comandado por el Capitán Douglas Gordon, lucha y destruye a Manda (kaiju), pero la nave queda destrozada en el proceso y su capitán es suspendido de la EDF.

En 2004, Mechagodzilla está siendo sometido a modificaciones de reparación después de su batalla con Godzilla un año antes. El Primer Ministro Hayato Igarashi acepta la elección del científico principal Yoshito Chujo de reemplazar el Cañón Cero Absoluto por un poderoso Tri-Maser.

Durante una reunión de las Fuerzas de Autodefensa de Japón (JSDF) para el posible regreso de Godzilla, el almirante Taizo Tachibana informa a los cadetes sobre el primer ataque de Godzilla. Se informa de la desaparición de un submarino nuclear, que más tarde se descubre que fue destruido por Godzilla. La hija de Tachibana, Yuri Tachibana, filma un docudrama con su equipo para BS Digital Q en el monte Myoko, donde ocurre un terremoto misterioso de forma aleatoria. El extraño terremoto vuelve más tarde esa noche, enterrando a una pandilla de motociclistas y dejando a un camionero sobreviviente que presencia al monstruo Baragon.

Japón es sumido en el caos cuando un monstruo del tamaño de un rascacielos emerge de las profundidades de la Bahía de Tokio y arrasa con la ciudad de Tokio.

Lobezno llega a Japón para encontrarse con un viejo amigo cuya vida salvó hace años y se ve envuelto en una conspiración que involucra a yakuza y mutantes.

Un monstruo marino prehistórico, que ha permanecido décadas aletargado después de que la humanidad tratara de destruirlo, se enfrenta a malvadas criaturas que, animadas por la arrogancia científica del hombre, amenazan la vida de la raza humana.

Después de un naufragio, un chico indio de 17 años debe aprender a valerse por sí mismo en una balsa salvavidas contra los elementos junto a un orangután, una hiena y un tigre de Bengala.

Un trabajador de un banco descubre que en realidad es un jugador dentro de un videojuego.

Tras un brutal accidente que hubiera acabado con su vida, Mayor es sometida a un proceso de ciber-regeneración que la convierte en el soldado perfecto. Adaptación en imagen real del manga de culto "Ghost in the Shell" de Masamune Shirow.